Примирието между враждуващите македонски революционери се запазва до началото на Първата световна война, когато те отново се разделят на два лагера заради различното си мнение кого трябва да подкрепи България. Тодор Александров, който възстановява организацията под името ВМРО, е за Централните сили – Германия и Австро-Унгария. Той смята, че с победата над Гърция и Сърбия, които са на страната на Съглашението, разпокъсаната след Балканските войни Македония ще бъде освободена и обединена. Сандански вижда, че правителството и Фердинанд тласкат България към Централните сили, и предлага царят да бъде убит, да се провъзгласи република и да се промени външнополитическата ориентация. Той търси съмишленици сред опозицията, която е на страната на Съглашението. Тримата с Михаил Герджиков и социалиста Кръстьо Станчев посещават ръководителите на демократите Александър Малинов и Андрей Ляпчев и на народняците Иван Евст. Гешов, но всички отказват да участват в заговора. Само екзарх Йосиф според Михаил Герджиков им казал:
- Блажена да е ръката, която ще повали Фердинанда. Който стори това, ще бъде най-големият благодетел на България.
Поради липса на политическа подкрепа Сандански се отказва от своя план и се оттегля в Пирин, където изкупува тютюн за търговеца Крум Чапрашиков. Задоволява се с една остра телеграма до Фердинанд, в която го заплашва, че ако води страната към Централните сили против Русия, и Дунава няма да те побере. През юли 1914 г. е гласувана амнистия, която засяга и него и формално не го заплашва нищо, но изглежда становището му за войната решава неговата съдба.
Самият Яне е знаел, че ще загине от насилствена смърт, макар че тогава е само на 43 години. Той казва за себе си: Аз съм обречен, кога да е ще ме убият. Няма смисъл да се пазя. Затова продължава да се движи из Пирин сам, без охрана. На 9 април 1915 г. тръгва от Роженския манастир, където живее, за Неврокоп (днес Гоце Делчев). Повикан е там с телеграма, което изглежда е било клопка. Това фатално пътуване е белязано от две поличби. Любимата му кобила Мица, кръстена на убития вместо него в Солун Мицо Врански, отказва да тръгне. Суеверният Яне отбелязва, че ке стане нещо, но отказва да се върне с думите: Да става, каквото става. По пътя преспива в родното си село, а на сутринта Мица отново на три пъти се връща от пътеката. Чак тогава Яне се съгласява да го придружи някой. След около час път обаче връща спътника си и продължава сам. Настига керван, натоварен с вино, изпреварва го и продължава.
Засадата го чака в местността Блатата. В една теснина срещу него гръмва залп. Сандански пада от коня и си счупва крака, но пропълзява зад едно дърво и започва престрелка. По-късно около него намират 30 гилзи. Най-после един от нападателите, въоръжен с пушка, го застрелва. Накрая от упор го довършват с няколко куршума в корема. Трупа му намират керванджиите, които е изпреварил. Те отнасят в Неврокоп вестта, че някакъв човек е застрелян в планината.
Сандански е погребан до Роженския манастир. Според Мерсия Макдермот на погребението му се събрали 3000 души. Така и не се разбира кои са били убийците му. Говори се, че покушението е организирано от Стоян Филипов, човек на Тодор Александров в Неврокопско, а за физически убиец се сочи Андон Качарков от село Оряховец. Съдът обаче оправдава всички поради липса на доказателства.
O6te vedna6 pitam:
Kakvo tolkova e bilo storeno na makedoncite 4e ne iskat da sa balgari.
Otgovorat e v tezi koito sa sledili sabitiqta po tova vreme. Mnogo balgari naprazno obvinqvat komunistite i G. Dimitrov.
